[Aquahawk]

В методе load в Loader можно, а в вашем случае нужно, указывать context в котором, для каждой загрузки, нужно создать свой ApplicationDomain. В таком случае каждый файл будет существовать в своей песочнице, и классы не пересекутся.

Добавлено через 2 минуты
сорри, совсем неправильно вас понял. у вас не динамическая подгрузка.