Я помнится как-то перелинковывал с помощью SamHaXe и вроде даже работало. Но как я это делал - уже не помню, да и проект давно не поддерживается. SWFMill вроде еще развивался какое-то время, но я не пользовался.
Можно попробовать [Embed(symbol="movie", source="file.swf")] - но может и не получится. Еще можно посмотреть сюда -
http://code.google.com/p/hxswfml/ это вобщем-то компилятор, но может быть там есть какая-нибудь возможность перелинковать AS2 клип к AS3 классу. Это в принципе должно работать, но вот инструменты, которые бы это делали мне не попадались.
В самом худшем случае можно попробовать почитать документацию по SWF формату и самому слепить примитивную SWF формата AS3, которая бы использовала символы из AS2 SWF.