[-De-]

Попробуйте полученный ByteArray сохранить не загружая на сервер и посмотреть, сохранит ли он нормальный пнг (возможно полученный пнг можно нормально раскодить только этим декодером, т.е. он кривой). Если нет - смотреть на раскодировние у пхп. Вообще попробуйте декодер сменить, в нём что-то не то, по-моему.
BitmapData.draw() - не убиват прозрачность, делает ровно то, что написано, рисует поверх не перерисовывая альфу, а нормально складывая. Если у вас fillColor без прозрачности, то ясен пень потом непрозрачное изображение получится. BlendMode.ALPHA не рисует цвет вообще) Им как раз можно перерисовать альфу.