Тут, к сожалению, похоже что не получится... если бы это просто директории были, можно было бы использовать dirset. Но я не думаю, что dirset можно передать в asdoc / compc параметром
Максимум, что приходит в голову - генерить билдом другой билд файл, и потом его выполнять - но это уж слишком будет
Кстати, я вот в последнее время заинтересовался Scons -
http://www.scons.org/ у них нет специфической для Флеша направленности, но то, как они делают это для C++/Java на мой взгляд лучше Ant/Maven.