Создайте третий (начальный), который будет загружать в себя первый и второй и выгружать их при необходимости. Выгрузить начальный swf из самого себя нельзя. Возможно вы имели ввиду удаление всего наполнения начального swf. Тогда что-то вроде:
Код AS3:
// Удаляет всех детей this из списка отображения
while(this.numChildren)
removeChildAt(0);
Хотя на самом деле все зависит от того, что вы там понаписали, и такими простыми строчками не обойтись.
Добавлено через 3 минуты
Будет лучше если вы покажете, как вы загружаете "свфники" ("екзешники"?). Тогда вам скажут, как их выгрузить.