Проблему единообразного отображения флешки на странице решает использование JS-библиотеки
SWFObject.
А также снимает с повестки дня еще ряд проблем публикации swf.
Сам давно использую и рекомендую "динамический способ" (их там два).
UPD. Судя по всему, вы его и используете. Но, поскольку у вас стоят размеры 100%, а верстка не вполне подходит для этого, поэтому такая разница.
Вероятно, ситуацию исправит задание размеров для блока с id="flashContent". А еще лучше (сам так делаю), и, учитывая задание 100% размеров, сделать контейнер, который будет определять размеры, а уже внутрь него поместить блок для публикации:
Код:
<div style="width:XXpx; height:YYpx">
<div id="flashContent">
</div>
</div>
где XX и YY - размеры блока в пикселях.
И вообще, зачем вам 100% ?
Код:
swfobject.embedSWF("Gallery.swf", "flashContent", "100%", "100%", ....
Сайт и весртка вроде не "резиновые".
Выставьте фиксированные размеры сразу для публикации, равные размерам сцены.