Если в родной - могут быть проблемы с одинаковыми классами. Например, если есть 10 swf-ок с одинаково названными спрайтами.
Других способов что-то не припомню, так делал всегда (код условный):

Код AS3:
public class SWFLoader
{
private var _loader:Loader;
public function load(bytes:ByteArray):void
{
_loader = new Loader();
_loader.contentLoaderInfo.addEventListener(Event.COMPLETE, onLoadBytesComplete);
// тут на ещё на ошибки подписываемся
_loader.loadBytes(bytes);
}
private var _applicationDomain:ApplicationDomain;
private function onLoadBytesComplete(event:Event):void
{
_applicationDomain = DisplayObject(_loader.content).loaderInfo.applicationDomain;
dispatchEvent(new Event(Event.COMPLETE));
}
public function getClass(className:String):Class
{
return _applicationDomain.hasDefinition(className)) ? _domain.getDefinition(className) as Class : null;
}
}