Не проверял, но, может, попробуйте перерисовать битмап снова:

Код AS3:
[Embed(source = "/Normal_Select.png")]
const NewCursor:Class;
var bitmapDatas:Vector.<BitmapData > = new Vector.<BitmapData > (1,true);
var bitmap:Bitmap = new NewCursor();
bitmap.alpha = 0.5; //прозрачность
var bmd:BitmapData = new BitmapData(bitmap.width, bitmap.height, true, 0);
bmd.draw(bitmap);
bitmapDatas[0] = bmd;
var cursorData:MouseCursorData = new MouseCursorData();
cursorData.hotSpot = new Point(3,3);
cursorData.data = bitmapDatas;
Mouse.registerCursor("New", cursorData);
Mouse.cursor = "New";