[iNils]

Массив, это объект. А все объекты передают на себя ссылки, а не значения.
Поэтому, все элементы массива Arr2, хранят в себе ссылки на массив Arr.
Поэтому, нужно делать так:

var arr:Array = [];
for (var i:Number = 0; i < 5; i++) {
	arr[i] = [];
	for (var j:Number=0; j<5; j++) {
		arr[i][j] = 5;
	}
}
arr[0][0] = 1;

PS. В ActionScript принято писать названия переменных с маленькой буквы.