[PikseL]

Автозапуск (для Винды точно работает):

NativeApplication.nativeApplication.startAtLogin = true;

Можно как свернуть апликуху в трей

var _trayIcon:TrayIcon = new TrayIcon();
trayIcon.dock();

как и спрятать вовсе.

Таймеры в AS3 поддерживаются, само-собой - примеров в инете очень много.

Открытие нативного окна - что-то типа:

var options:NativeWindowInitOptions = new NativeWindowInitOptions();
var nativeWindow:NativeWindow = new NativeWindow(options);
nativeWindow.activate();

Вот только мониторинг БД - из коробки только поддержка SQLite. Но решается через NativeProcess.

Хотя, можно и на плюсах... Qt, например...