Если Вы сами скомпилировали swc, то погуглите по
fat swc. swc это по сути zip-архив, в который можно добавлять файлы, как и слюбым другим архивом. Для этого Вам понадобится утилита AsDoc (она входит в состав FlexSDK). То есть задача сводится к тому, чтобы сгенерировать документацию и добавить ее к zip-архиву.