Истинно верное направление - не писать код во Flash CS =) Серьёзно - он для анимаций/ассетов, которые в swc компилировать и подключать этот swc к чему-то, что флекс компилятором собирается(flashdevelop, Flash Builder). Будете серьёзно программировать на as3 - это рано или поздно случится.
Вообще оно не находит MainClass, т.к. получается, что он вообще нигде не упомянут и потому не вкомпиливается (в FD это решается галкой Always Compile). Чтоб упомянуть хватит во втором кадре написать
Код AS3:
var ref:MainClass;
Вроде можно как-то ещё проще, но я не знаток и не так важно. Если есть символ, для которого ваш MainClass - базовый, то рекомендую просто поставить там экспорт во второй кадр.
Ну и вы как-то неправильно готовите глобальные переменные, если они где-то не доступны.