Можно делать так:
в Flash внедрить шрифты, экспортировать каждый по 2 раза, наследуя от mx.core.FontAsset и flash.text.Font, называя соответственно "MyFontFlex" и "MyFont"
Пытаемся зарегистрировать сначала один, в случае неудачи второй:

Код AS3:
var fontClass:Class;
var fontName:String= "MyFont";
var domain:ApplicationDomain= ...; // домен, в который загружена swf со шрифтами
fontClass = domain.getDefinition( fontName ) as Class;
try
{
Font.registerFont( fontClass );
}
// не удалось зарегистрировать
catch( error:Error )
{
fontClass = domain.getDefinition( fontName + "Flex" ) as Class;
try
{
Font.registerFont( fontClass );
}
// и тут не удалось зарегистрировать
catch ( error:Error )
{
}
}
И если я все правильно помню, то если swf со шрифтами грузится локальной swfкой, то зарегистрируется шрифт MyFontFlex. В противном случае надо грузить swf со шрифтами с контекстом

Код AS3:
new LoaderContext( true, ApplicationDomain.currentDomain, SecurityDomain.currentDomain )
и тогда зарегистрируется MyFont.