Да действительно. Здесь тоже null в IE.
Делал так:

Код AS1/AS2:
test_tf.text = ExternalInterface.call('function testUrl () { return 4+2; }');
В FF, Opera выводит 6. А в IE null.
Сами
eval в IE работают. Нашёл такую страничку для тестов -
http://www.w3schools.com/jsref/jsref_eval.asp
А по настройкам публикации. Не знаю. Стандартные настройки. Ничего не менял. Код HTML написан от руки.

Код:
<html>
<head>
<title>
</title>
</head>
<body>
<object width="550" height="400"><param name="quality" value="high" /><param name="bgcolor" value="#000000" /><param name="allowScriptAccess" value="always" /><param name="movie" value="test.swf" /><param name="allowFullScreen" value="true" /><embed src="test.swf" allowscriptaccess="always" width="550" height="400" menu="false" quality="high" bgcolor="#000000" allowfullscreen="true" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" /></object>
</body>
</html>
Добавлено через 5 минут
А вообще у вас в IE работают return'ы в функциях описанных в
ExternalInterface.call() ? Возможно это какая то недоделка FP и поэтому не работает?