Да, это всего лишь ссылка на ваш объект созданный в Main. "Перезаписыватся" тока стринги и числа, даже xml и тот Object
Есть несолкько вариантов. Первый сделать метод clone у вашого объекта который будет возвращать созданный такойже объект и которому будет передано состояние клонируемого. И второй который я знаю это паттерн прототип