1. Можно использовать getObjectUnderPoint, и в выдаваемом им списке искать маленькие мувики. Однако, если в этих мувиках еще что-то лежит, то придется рыться и в родителях того, что выдал getObjectUnderPoint.
2. Можно тупо использовать математику:
Код AS3:
var cellColumn:int = Math.floor(cellContainer.mouseX / cellWidth);
var cellRow:int = Math.floor(cellContainer.mouseY / cellHeight);
var cell:MovieClip = _cells[cellColumn][cellRow];
3. Можно, в конце концов, слушать события MouseEvent.ROLL_OVER и MouseEvent.ROLL_OUT в каждой ячейке и подсвечивать ее по этим событиям, сделав перетаскиваемый корабль прозрачным для мыши;
Наиболее привлекательным в плане гибкость/простота кажется вариант 2.