Движек расчитывает исходя из физических законов и от этого будет зависеть положение тела, так что в этот момент ставить телу позицию бессмысленно, так как она (позиция) всё равно будет пересчитана.
Можно делать вроде такого
Код AS3:
world.Step(timestep, iterations, iterations);
world.ClearForces();
mySetPosition();
те. доставлять позицию.