Как правило, это делается вот так на стороне клиента:
Код AS3:
netStream.play("http://site.com/video.flv?start=12345");
Где параметр start указывает серверу с какой секунды нужно отдавать файл.
Ну и, соответственно, на сервере должен стоять модуль, умеющий отдавать видео с определенного места.