Самая главная проблема решена!
http://www.adobe.com/devnet/air/arti...installer.html
Добавлено через 2 часа 29 минут
Теперь осталось решить маленькую проблемку. Мне все же понравилось использовать баджер - если Аир не установлен, то автоматически ставится, статистику скачек легко получить, красиво выглядит. Но теперь баджер не работает с *.exe, только для *.air.
Вот код баджера. appURL - это путь до установочного файла, а airSWF - это объект включающий собственно установочный файл. По идее, что EXE что AIR - это просто упаковщики.

Код AS3:
// handles clicks on the action button
protected function handleActionClick(evt:MouseEvent):void {
if (action == "close") {
hideDialog();
enableAction(prevAction);
} else if (action == "install" || action == "upgrade" || action == "tryagain") {
showDialog(getText("installing"),getText("installingtext"));
disableAction();
// check if it's installed every 5 seconds:
timer.reset();
timer.start();
airSWF.installApplication(appURL, airVersion, appInstallArg);
//Custom code
this.onDownloadHandler(action);
} else if (action == "launch") {
airSWF.launchApplication(appID, pubID, appLaunchArg);
showDialog(getText("launching"),getText("launchingtext"));
enableAction("close");
}
}