[mooncar]

Дополню.
1. Фон самой флешки можно сделать прозрачным, установив параметр wmode в "transparent".
2. При этом можно задать для родительского блока, где опубликована флешка, паттерный фон обычным бакграундом в HTML, не используя заливки в самой флешке.

PS. У режима "transparent" есть пара известных мне недостатков - инпут-поля перестают принимать кириллицу и в целом плеер начинает работать медленне, чем при режиме wmode="window".