[Wolsh]

Если массив уникальных уже есть, то делов на две строчки

for(var i:uint = 0; i < arrayX.length; i++)
{
    resultArray[i] = uniqArray.indexOf(arrayX[i]);
}

Добавлено через 6 минут
Да и уникальный непонятно, нужен ли

for(var i:uint = 0; i < arrayX.length; i++)
{
    resultArray[i] = arrayX.indexOf(arrayX[i]);
}

Или я не понял задачу?