Да, всё дело в контейнере, у меня был такой баян, всё дело в том, что контейнер как то странно ресайзит содержимое..)
Писал давно, если честно не помню уже что зачем тут, но код был рабочий и суть ясна...)

Код AS3:
protected function beginMovie( e:Event ):void
{
stage.align = StageAlign.TOP_LEFT;
stage.scaleMode = StageScaleMode.NO_SCALE;
stage.fullScreenSourceRect = new Rectangle( 0 , 0 , stage.fullScreenWidth , stage.fullScreenHeight );
stage.addEventListener( FullScreenEvent.FULL_SCREEN , onFullscreen );
}
protected function onFullscreen( e:FullScreenEvent ):void
{
epicResize();
}
protected function epicResize() : void
{
var par:DisplayObjectContainer = this;
while ( par.parent != null )
{
par = par.parent;
if ( par.scaleX != 1 )
{
par.scaleX = par.scaleY = 1;
}
}
}