Попробуйте сделать так:
В основном модуле прописать версию приложения, например:
Код AS3:
public static const APP_VERSION : String = '0.8';
А при подгрузке доп ресурсов делать такой запрос:
Код AS3:
request=new URLRequest("file.swf?ver="+APP_VERSION);
Таким образом пока вы не поменяете версию главного модуля, допы будут грузиться из кеша, поменяете - загрузятся заново.
Хотя я не знаю подойдет ли этот способ для вашего конкретного случая.