1) Во Flash Builder 4 -> Проект -> Свойства -> Компилятор (ActionScript/библиотеки Flex/...) -> Дополнительные аргументы компилятора:

Код:
-define=NAMESPACE::version,'1.0.0'
2) Используя compc и mxmlc запись аналогична, отличия только в синтаксисе шела (Win, Unix,...)
Достучаться до значения так:

Код AS3:
NAMESPACE::version