Ну, во-первых, не перемещение, а масштаб. Во-вторых, зачем вообще использовать визуальный объект вне списка отображения - т.е. как только ты добавишь его в дисплей лист - все встанет на свои места. В-третьих, почему не может взаимодействовать с матрицами? Делай какие угодно операции - просто concatenatedMatrix - это совокупность матриц парентов - но т.к. парентов нет - то имеем этот баг - наверняка он в джире есть - лень лезть.
Upd.: залез-таки )
https://bugs.adobe.com/jira/browse/FP-7003