Можно ли заставить компилятор AIR понимать factoryClass
 

Собственно проблема в следующем. Собрал проектик на AIR под Starling (компилятор AIR SDK 14.0.0.178). Потом начал делать его Web-версию безо всякого Staling'а (просто комплект дополнительных вьюх с визуализацией на нативном AS3) и столкнулся с тем, что компилятор AIR игнорирует

Просто ничего не происходит. Когда я переключил компилятор на flex_sdk_4.6 все заработало. Правда, выяснилось, что эти компиляторы по разному понимают коллбэки и еще кое-что по мелочам, но это пережить можно.

Однако, меня напрягает, что проект в мобильной версии будет компилиться одним компилятором, а в вэб-версии - другим. Можно как-то заставить компилятор AIR понимать эту инструкцию?

Если компилятор asc2, то делайте прелоадер документ классом, а в параметрах компилятора прописывайте
Метатег Frame не нужен.