принцип разделения в stage3D
 

каким образом система различает один меш от другого как отдельных объектов?
если они вводятся в единый массив вершин - то как потом обращатся к ним как к отдельным объектам?

Вводятся в один массив, что за бред? Если ты из в один массив загонишь, то естественно никак не обратишься к ним это будет один меш. Для начала ты должен создать для каждого меша его вершинныйБуфер в памяти и затем уже в циклом в функции рендера отрисовывать каждый объект. Т.е ты вначале рисуешь первый vertexBuffer потом второй и так пока все не отрисуешь. Если ты захочешь изменить положение вершин какого-то меша, то тебе придется заново создавать вершинныйБуфер для объекта.