Как лучше обновлять базу SQLite в приложении.
 

Допустим приложение использующее SQLite хранит в базе общие данные и пользовательские, которые юзер может менять. Выходят новые версии, в общие данные добавляется функционал, но как при этом сохранить пользовательские данные, которые ему не хочется терять?
Все хранится в одной *.db.

Создать промежуточную базу, и копированием все нужные данные из старой перенести в нее.

По-моему, проще тогда иметь две базы, одну общую, другую юзерскую.

А почему юзерские данные должны пострадать? ALTER TABLE или UPDATE по нужным таблицам ничего не испортят. Только, естественно, предварительно бэкап в юзерскую папку. У меня когда выходит новая версия ПО с изменениями в базе - выполняются запросы к БД, и в таблицу общих настроек записывается версия БД. Новая версия хранится в константе и сравнивается, соответственно, с версией в БД.

Забыл упомянуть, что AIR mobile. Соответственно файл базы просто заменяется на новый.

Ну это очень важное дополнение. Тогда лучше, конечно, 2 базы.