Подводный эффект.
 

Подкиньте, пожалуйста, идеек как сделать эффект переливания света (НЕ волн), как в шапке этого сайта или подобный. Рассмотрю все варианты =) Желательно программные.

Пробовал 2 картинки лучей вешать оверлеем над водой и двигать их относительно друг друга. Но как-то не очень вышло.

Посмотрите тут.

шейдеры круче.
У silin не плохой фильтр есть,и в инете можно поискать, там хватает. Даже где-то целые библиотеки встречал на эту тему.

Видео, как в оригинальной ссылке =)

в оригинальной ссылке похоже действительно замкнутый видео ряд, а так как топикстартер просил желательно программное исполнение переливания(преломления) света, то при наличии фантазии и необходимом фильтре можно получить хороший результат. Где-то на туристическом сайте видел достойное исполнение, но уже не вспомню.