Длинный цикл останавливает анимацию.
 

Создаю много объектов. При этом иду по byteArray и считываю данные. На это время флешка зависает. На моей машине это около 7 секунд. Я сделал простенькую анимацию загрузки, что бы пользователю не скучно было дожидаться. Анимация при помощи таймера сделана.

Я думал, что если на событие таймера я сделаю updateAfterEvent, то сцена будет обновляться. На деле фиг.

Подскажите как мне это реализовать?

Считывайте блоками. Считали 1/10 - таймаут на 200 мс до следующей функции и обновили экран в это время.

На деле ничего не будет обновляться, пока исполняется ваш цикл.
Нужно разбить его на несколько итераций, каждую следующую итерацию вызывать по таймеру, чтобы и код успел отработать, и сцена обновиться.