Проблема с остановкой таймеров в JS
 

На одной страничке есть обратный отсчёт времени. Но если вызвать confirm или alert в JS, то таймеры устанавливаемые через setTimeout или setInterval приостанавливаются. Привязываться к системному времени не хочется. Возможно ли данное решение с помощью flash или ещё как? обязательное условие: должно работать в IE6+.

javascript однопоточен, а alert полностью останавливает процесс, поэтому обойти прямыми путями не представляется возможным.
Совет: использовать псевдомодальные окна, которые не только украсят приложение и повысят юзабилити, но и не будут так влиять на таймеры.

всё было бы хорошо, если бы не было так грустно :(. При нажатии правой кнопкой мыши в окне в IE появляется контекстное меню и таймеры так же останавливаются.

сделай на флеше таймер, а по его истечению отправляй в js данные о том, что время закончилось....