FileReference.upload идет только через 80 порт
 

FileReference.upload закачивает файлы тольео через 80 порт по умолчанию.
если у пользователя direct connect закрыт то он не может закачать фаил.
Как избежать это методом flash.
Как заставить FileReference.upload работать "Видеть " другие порты?

в жизни никогда не задумывался! а если к php обращаться, как www.mysite.com:8080/трам-пам-пам?..

Да. Но процент заблокированных портов 8080 наверно больше чем 80 :)
Просто все остальные фукции (XML.Load , LoadVars.sendAndLoad) идут через указанный порт в соединении, а вот FileReference.upload на 80 и все!
У меня в сети указано использовать прокси на 3128 порту. Запустил снифер и сильно удивился что все запросы идут на 3128 кроме FileReference.upload.

ха, server:3128 и server:80 через порт 3128 - не одно и то же. по идее, скрипт вообще не должно заботить, через какой прокси/порт ты ходишь. так что пиши баг в адоб.