При попытке открыть с сервера файл не загружается. В кэше файл появляется и число байт совпадает с исходным. (Хотя клиент говорит, что у него часто не полностью загружается в кэш, то есть в кэше показывает меньшее количество байт).
Локально из кэша браузера не запускается. В Flash 8 не открывается. Декомпилеры пишут что файл поврежден и тоже его не могут открыть.

В тоже время такой же по размеру исходный swf файл запускается и всеми открывается.

Из-за чего такая проблема может быть?

Причем файл не загружается только IE. Всеми другими браузерами отображается отлично.

Криво залился на сервер, он все таки поврежден видимо.

Измените режим заливки на ftp.

А какой режим заливки необходим? Binary (archives, doc etc.) или Text (plain text, html) ?
Я попробовал сейчас специально залить на свой сервер в режиме Text, при этом число байт в файле изменилось, и файл перестал открываться любыми браузерами.
До этого проблема была только с IE.

Binary, конечно. swf не является текстом.