Они говорят о том, что:
1. Разница между getTimer и Date есть, но говорит о том, что-то кто из них врет, а кто не ясно.
2. Вывод данных getTimer и Date трейсом и попытка хотя бы визуально сравнить совпадение секунд с системными часами, упирается в разницу во времени между снятием значения и выводом его на экран.

Аха, я об этом тоже написал.
Аха. В этом и вся соль: значения getTimer`а могут быть точнее атомных часов, но если он вдруг из за каких нибудь периферийных устройств нижнего уровня схватит погрешность (например - от балды глупость конечно, но всё же - рендер экрана, который имеет погрешность в 4 мс (цифры опять от балды)) - то и сам getTimer станет грешить на 4 мс.
Имо в таких случаях нужно смотреть не в корень, а туда что мы имеем. И getTimer даёт погрешности, относительно Date. А Date логично взять за точку отсчета. Не состыкуется - грешен.