А у меня такая же проблема возникает при публикации swf, в результате чего swf не произгывает flv. Locals files only стоит, может какие специальные параметры задать? В коде прописано все верно (без сомнения).

В одной презентации использовал стандартный видео-компонент, само видео лежало при этом в папке video/blabla.flv
Экзешник воспроизводил корректно.

Файлы открывал через fscommand
При этом относительно корня презентации есть папка fscommand/acrobatrd.bat

Внутри батника:
start ..\progs_codecs\AdbeRdr810_en_US.exe

тираж с 2008 не вернулся, значит работает нормально :)