Двумерный массив устроен так, что каждый элемент его "первой" размерности сам является массивом, что и было показано выше. Если заранее известны размерности, то можно сделать так

len=5;
aMas=new Array(len);
for (var i=0; i<len; i++){
aMas[i]=new Array(len);
//забьём в массив чего-то, чтобы потом прочитать
for (var j=0; j<len; j++){
aMas[i][j]=i add j;
}
}

//на практике не нужно, но убедиться хочется
for (i=0; i<len; i++){
for (j=0; j<len; j++){
trace(aMas[i][j]);
}
}

Сорри, форматирование потерялось.