О целесообразности прошу не говорить, тут это соль на рану, я молю богов о прощении за создание такого проекта.

file:/// с download() не работает, пишет ту же ошибку, что и в поcте в начале темы.

И не заработает, в этом вся фишка. В тексте ошибки явно сказано: удаленный протокол должен быть HTTP или HTTPS. Это значит, что получить файл с локального компьютера при помощи FileReference.download() можно только при наличии на нем веб-сервера, отдающего файлы по указанным выше протоколам. Естественно, не стоит рассчитывать на его наличие у пользователей, неспособных открыть папку в проводнике :)
Чем вам не угодил тот же navigateToURL для открытия нужной папки?
В любом случае, вы хотите от флешки работы с локальной файловой системой - скопировать файлы из одного места в другое. Сам по себе флэшплеер вам такого не позволит, нужно либо засунуть его в обертку, либо писать вспомогательное приложение для вызова через fscommand.