Можно из флеша найти дом элемент, куда реклама отрисовалась, вытащить его содержание и отрендерить во флеше, а потом имитировать из флеша события мыши и отсылать их реальному баннеру размещенному под флешкой... другой вопрос - зачем вам нужна эта головная боль?
Это заморочка на несколько дней как минимум... гораздо проще повесить див над флешкой и не мучатся с этим.

Ну вот. К примеру взять приложения для контакта, пользователей у некоторых больше миллиона, почему бы этим не воспользоваться и не поставить рекламу на свое приложение.

Потому что флеш не является html-документом.

В таком случае у Гугла есть АПИ позволяющие работать через веб-сервис. Т.е. вам на стороне сервера нужен будет прокси, который от флеша будет перенаправлять клики Гуглу.

Вот это может вам помочь
http://www.google.com/ads/games/index.html