это известная проблема..., предлагаю простое решение которое работает отлично, рендерить в свифт-файл, который открывать во флэш-эмикс, в папку импортеров которого предварительно засунуть плагин, сохранить файл в фла, а потом открывать в цс4, ...вуаля... все слои на месте,
мой свифт тоже не хочет импортироваться в цс4 напрямую ни при каких условиях...

решение этой проблемы - не использовать свифт

Странно, что никто не ответил до сих пор. Я с момента выхода Flash CS4 импортирую в него *.swft.

А сделал я так:
1. Идем в папку Program Files\Electric Rain\Swift 3D\Version 5.00\Flash Importer
2. Берем оттуда файл Swift3DImporter.dll (в моем случае версия этого файла 1.0.0.501, идет в комплекте с Swift3D 5.0)
3. Копируем файл в Program Files\Adobe\Adobe Flash CS4\en\Configuration\Importers
4. Во флэше жмем Import (Ctrl+R) и выбираем Swift3D Importer (*.swft)

И все отлично работает!